Der verwaiste Spatz Richard wird von Störchen aufgezogen und fühlt sich wie einer von ihnen. Doch im Herbst will sein Ziehvater ihn zurücklassen, wenn die Störche in den Süden fliegen – das kann Richard nicht akzeptieren.
Ponyo und Sosuke freunden sich an, doch durch eine Unaufmerksamkeit zerstört Ponyo das Gleichgewicht zwischen Meer und Land. Gemeinsam versuchen sie, die Welt wieder ins Lot zu bringen.