Nachdem es die New Yorker Zootiere im ersten Teil auf die Titel gebende Insel verschlagen hat, versuchen sie nun in einem alten Flugzeug den Heimweg anzutreten. Doch stattdessen stranden sie in Afrika.
Der verwaiste Spatz Richard wird von Störchen aufgezogen und fühlt sich wie einer von ihnen. Doch im Herbst will sein Ziehvater ihn zurücklassen, wenn die Störche in den Süden fliegen – das kann Richard nicht akzeptieren.
