Ponyo und Sosuke freunden sich an, doch durch eine Unaufmerksamkeit zerstört Ponyo das Gleichgewicht zwischen Meer und Land. Gemeinsam versuchen sie, die Welt wieder ins Lot zu bringen.
"Heiho!" – In Walt Disneys erstem abendfüllenden Zeichentrickfilm aus dem Jahr 1937 gehören Tanz und Gesang ganz selbstverständlich zur Erzählung dazu.
Nachdem es die New Yorker Zootiere im ersten Teil auf die Titel gebende Insel verschlagen hat, versuchen sie nun in einem alten Flugzeug den Heimweg anzutreten. Doch stattdessen stranden sie in Afrika.