Das französische "patouiller" heißt so viel wie "manschen" oder "patschen". In poetisch-minimalistischen Bildern, die an Kinderzeichnungen erinnern, erzählt der Film, wie ein junger Mensch auf verspielte Weise die Natur erkundet.
Ponyo und Sosuke freunden sich an, doch durch eine Unaufmerksamkeit zerstört Ponyo das Gleichgewicht zwischen Meer und Land. Gemeinsam versuchen sie, die Welt wieder ins Lot zu bringen.